O projeto educativo IEMES para a segunda fase do Ensino Fundamental centra esforços na construção de metodologias que enfatizam o papel das diferentes áreas do conhecimento no contexto social. Potencializam-se situações que favoreçam ao educando maior conhecimento científico-cultural e a sua inter-relação com a natureza, sociedade, o tempo e a cultura, com a perspectiva de que os alunos aprendem elaborando raciocínios sobre a realidade em que vivem, podendo assim transformá-las.
Pensar praticamente e agir intelectualmente são metas para um saber desenvolvido em atividades baseadas nos valores humanos, capacidades estas fundamentais à nossa contemporaneidade.